La sub cuenca del río Jejuí Guazú, drena en el río Paraguay. La longitud del cauce principal es de 263 Km, y tiene un área de 22.520 Km2. Algunos de sus afluentes son los ríos Jejuí mi y Aguaray Guazú. Los municipios de San Pedro, Choré, Gral. Resquín, Caruguaty entre otros, se ubican en la cuenca. La población total estimada es de 322.894 habitantes.
 
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